职业健康安全管理体系是一个十分复杂的系统工程，对于一个组织来说，只要组织存在，OHSAS相关管理一刻也不能停息，就是说OHSAS的概念，是一个空间、时间以及员工（三维）全方位的系统。由于科技水平及其运用的有限性，资源投入及经济合理性的限制，会使OHS管理产生种种缺陷和不足，尤其人的不安全行为和物的不安全状态，更是千姿百态，因而OHSAS同其他体系一样，不是全面消灭事故的灵丹妙药，它的实施在很大程度上取决于组织的基础、资源、风险、性质、规模以及员工的素质，实施中有以下几个难点：
1、 关于有效的技术支持和手段。风险评价起源于美国航天部门，为了确保几亿元的财产不会因一时的疏忽和简单的环节操作而毁于一旦，美航天局投入可观的人力、物力、财力进行航天飞机各系统的全面分析，动仄几千万美金，资金、技术支持功不可没。有些组织在进行OHSAS危害因素辨识和风险评价时，领导者缺乏这方面的意识，或进行类似的投入显得力不从心，有时是不现实、不经济的。因此，在策划实施4.3.1这一条款时有些困难。
2、 职业安全卫生涉及技术领域是广泛的，物理、化学、生物等领域有可能在一个组织内全部涵盖，如何将复杂的根源分析变得简单，易掌握而又有实际意义，也是一个值得探讨的问题。
3、 建立OHSAS体系的目的是消除或降低风险，而发生事故具有极大的偶然性，那么控制机制的运作对于避免偶然性发生如何有效，本身有体系健康、健全和持续改进的问题，同时也可能出现体系运作上有偏差。此如，美国对航天飞机系统进行过几千万美元的评价，也出现了控制系统失灵而机毁人亡的重大事件，这一点我们应有充分的认识和准备。