HSE管理体系在运行过程中，由于受到外因、内因的影响，管理目标、管理程序、管理方法与管理效果之间有可能发生一定的偏差。因此，需要切实有行的实施步骤进行约束和规范，才能够使体系的运行达到最佳的效果。
1．学习标准、培训人员
企业及二级单位在建立HSE管理体系之前，应结合集团公司颁布的10个HSE系列标准，开展两个层次的教育培训工作。
1）组织对岗位工人的宣传教育。HSE管理体系的实施和管理目标的实现，需要企业全体职工的深刻理解和积极参与。因此，企业必须通过一定的形式，使企业的每一个员工都清楚地了解实施HSE管理体系的目的、意义、内容和要求，以使其自觉主动地加入到推行HSE管理体系的过程中。
2）组织对领导干部和管理人员的专门培训。领导干部和管理人员是HSE管理体系的建立保持者，担负着组织管理，文件编制和运行监督等重要使命。因此，必须通过举办专门的HSE管理体系培训班，使其获得HSE管理体系建立实施工作所需的专门知识，通过考试并具备HSE管理体系内审员的资格。
2．风险和管理现状调研
建立HSE管理体系的前提和基础是风险评价和管理现状调研，企业及二级单位在建立HSE管理体系之前，必须对企业存在着的事故隐患，职业危险，环境影响进行评价，对影响企业安全生产，环境保护及健康的HSE管理问题进行现状调研，以使企业制定的控制目标和管理方案更有针对性。
3．规划设计和准备
根据风险评价和现状调研的结论，企业及二级单位的最高管理者应组织有关部门对拟建立的HSE管理体系进行规划设计和准备，其主要工作程序及内容应包括：
1）企业最高管理着依照HSE规范确定的承诺原则和内容，向企业员工和相关方作出书面承诺。
2）企业最高管理者指定和任命HSE管理者代表，并授予应有的管理权限。
3）企业主管部门提出HSE方针和目标草案，最高管理者组织评审并批准发布。
4）成立企业HSE管理委员会，制定HSE管理委员会章程。
5）调整和强化HSE管理监督机构，合理设置工作岗位，充实技术管理人员。
6）依照HSE管理规范，制定各级组织和人员的HSE职责。
7）建立健全企业HSE管理网络，成立基层单位HSE管理小组，按要求选拔配备HSE管理人员或安全工程师。
8）提出建立和保持管理体系所需的资源配置计划。
9）制定、修订和完善HSE管理工作所必需的制度、规定。
10）根据HSE管理规范和HSE制度、规定的要求，制定出HSE关键管理工作的程序。
11）制定HSE管理体系建立的实施计划进度表，明确各部门和单位的责任与分工。
4．HSE实施程序文件的编制
HSE实施程序是HSE管理体系可执行文件的集合，根据集团公司HSE管理体系和HSE管理规范的要求，企业及二级单位在建立HSE管理体系前，应编制《企业HSE管理体系实施程序》，《职能部门HSE职责实施计划》、《生产车间（装置）HSE实施程序》3种HSE实施程序文件。
5．HSE管理体系的实施
以上准备工作全部完成后，即可进入HSE管理体系的实施阶段，其主要工作内容为：
1）批准和发布HSE实施程序。
2）部门、车间按实施程序的要求，组织开展日常的HSE管理活动。
3）部门、车间建立体系要素运行保证机制，开展检查监督和考核纠正工作，保证HSE管理体系按既定的目标和程序运行。
6．审核、评审
综上所述，在HSE管理体系运行一定时期后，需要对HSE管理体系的符合性、有效性、适用性进行审核、评审，以及时调整现实与体系不相符合、体系与现实不相适应的部分，达到持续改进，不断提高的目的。
